A Segunda Guerra Mundial iniciou-se em 1939, todavia, somente em 31 de agosto de 1942, o Brasil decretou o Estado de Guerra por intermédio do Decreto nº 10.358, assinado pelo presidente Getúlio Vargas.

Ainda assim, o Brasil retardou, sobremaneira, o envio de suas tropas ao teatro de operações italiano em decorrência das dificuldades de organizar, armar e treinar adequadamente uma divisão de combate.

A declaração de guerra contra o Eixo tornou-se inevitável, considerando-se os ataques efetuados por submarinos alemães aos navios mercantes brasileiros no hemisfério norte e, posteriormente, em nosso próprio litoral.

Para que pudéssemos intervir no teatro de guerra europeu, foi organizada a Força Expedicionária Brasileira (FEB), por meio do Decreto-lei nº 6.396, de 1º de abril de 1944. Assim, a Justiça Militar na campanha da Itália era representada em 3 níveis: Conselho Supremo de Justiça Militar (2ª instância); Conselhos de Justiça (criados para cada caso e dissolvidos logo em seguida); e Auditorias, funcionando junto à 1ª Divisão de Infantaria Expedicionária (1ª instância).

Em 18 de maio de 1944 é assinado o Decreto-lei nº 6.509, criando, na Reserva da 1ª Classe do Exército, um Quadro Especial para os Membros da Justiça Militar, incluídos nesse quadro os membros do Ministério Público Militar. No comissionamento foram inseridos os seguintes integrantes do Ministério Público Militar:

Washington Vaz de Mello, procurador-geral de Justiça Militar entre os anos de 1926 a 1940 e ministro do Superior Tribunal Militar a partir de 1941, no posto de general de divisão;

Waldemiro Gomes Ferreira, procurador-geral da Justiça Militar no período de 1941 a 1952, no posto de general de brigada;

Orlando Moutinho Ribeiro da Costa, Amador Cysneiros do Amaral e Clovis Bevilaqua Sobrinho, promotores da Justiça Militar, no posto de capitão; e

Bento Costa Lima Leite de Albuquerque, promotor de 1ª categoria que, na época, atuou como advogado, no posto de 2º tenente.

No Brasil, Fernando Moreira Guimarães passou a exercer o cargo de procurador-geral interino, durante o afastamento do titular, Waldemiro Gomes Ferreira, nomeado para o Conselho Supremo de Justiça Militar na FEB.

Durante os afastamentos de Fernando Moreira Guimarães, Paulo Whitaker exerceu o cargo de procurador-geral interino.

Em 26 de dezembro de 1945, o Decreto-lei nº 8.443 extingue a Justiça Militar, organizada pelo Decreto-lei nº 6.396, de 1º de abril de 1944.