Fernando Moreira Guimarães tomou posse no cargo de adjunto de promotor substituto da Justiça Militar, em primeiro de junho de 1926.

No dia 21 de dezembro de 1938, foi nomeado promotor efetivo da Justiça Militar.

Exerceu o cargo de procurador-geral interino, no período de julho de 1944 a dezembro de 1945, durante o afastamento do titular, doutor Waldemiro Gomes Ferreira, nomeado para o Conselho Supremo da Justiça Militar na Força Expedicionária Brasileira (FEB).

Em 21 de fevereiro de 1951, enviou ao ministro da Guerra o anteprojeto de organização da Secretaria da Procuradoria-Geral de Justiça Militar, de acordo com o artigo 94 da Lei nº 1.341, de 30 de janeiro de 1951.

Foi designado procurador-geral de Justiça Militar em 1953, ocupando o cargo até 7 de março de 1956.

Empossado, solicitou ao ministro da Guerra equiparação salarial entre o procurador-geral de Justiça Militar e os ministros do Superior Tribunal Militar, invocando o que estabelecia o artigo 4º da Lei nº 33, de 13 de maio de 1947. O pedido foi homologado pelas portarias de números 139 e 141, de 6 de novembro de 1953, ambas do Tribunal de Contas da União, e deferido pelo ministro, general de exército Francisco Gil Castello Branco, em 30 de dezembro de 1953.

Ao deixar o cargo de procurador-geral, Fernando Guimarães permaneceu no Ministério Público Militar e, em várias oportunidades, durante os eventuais impedimentos dos titulares, voltou a exercer o cargo de procurador-geral como interino ou substituto.

Fernando Moreira Guimarães casou-se com Sílvia Moreira Guimarães.

Aposentou-se como subprocurador-geral de Justiça Militar, em maio de 1966, após mais de 35 anos de serviço público.

Faleceu em 24 de setembro de 1973.